Medi-IT Oy:n osakkeenomistajuus jakautuu seuraavasti: Etelä-Karjalan sosiaali- ja terveyspiirin kuntayhtymä (Eksote), Kymenlaakson sairaanhoito- ja sosiaalipalvelujen kuntayhtymä (Carea), Itä-Savon sairaanhoitopiirin kuntayhtymä (Isshp), Etelä-Savon sairaanhoitopiirin kuntayhtymä (Esshp), Etelä-Pohjanmaan sairaanhoitopiirin kuntayhtymä (Epshp) ja Kanta-Hämeen sairaanhoitopiirin kuntayhtymä (Khshp).

Hallituksessa on kahdeksan jäsentä: Heikki S. von Hertzen, Ilpo Hakula, Tarja Alastalo, Taina Lonka, Pekka Martikainen, Jukka Nyberg, Vesa Vestala ja Marja-Liisa Vesterinen. Hallituksen puheenjohtajana toimii Heikki S. von Hertzen ja varapuheenjohtajana Ilpo Hakula.

Medi-IT:n toimitusjohtaja on Timo Koivu ja operatiivisesta toiminnasta
vastaa johtaja Johanna Hasu.